Es gibt kein konkretes Datum, das den Beginn des Atheismus in der Geschichte markiert. Im Grunde war der Atheismus im Laufe der Geschichte ein parasitäres Phänomen – er hat keine Wurzeln, auch nicht zur Zeit der antiken griechischen Sophisten.
Sogar Epikur, der Begründer der lüsternen Philosophie des Epikureismus – ein auf den Genuss der materiellen Freuden des Daseins gerichtetes Lebensprinzip –, führte ein strenges stoisches Leben. In seinem ganzen Leben folgte Epikur im Hinblick auf die Einhaltung einer hohen Moral und den Verzicht auf Selbstgefälligkeit dem Beispiel der Religionsvertreter, wobei er unter Einhaltung dieser Lebensweise starb. Er hatte eine Frau und einen Bauernhof, und er verdiente seinen Lebensunterhalt durch die Gebühren, die er für den Unterricht seiner Schüler erhielt.
Selbst Voltaire, der erste Atheist und der geistige Vater des Atheismus, lehrte seinen Gefährten atheistische Denkweise, während er seinen Bediensteten Ethik und Moral in einem religiösen Rahmen predigte. Er fürchtete, dass seine Bediensteten dem Atheismus verfallen könnten, und drängte sie eifrig dazu, sich an ethische Werte zu halten, die von der Religion vorgegeben sind. Eines seiner berühmten Zitate lautet: „Gäbe es keinen Gott, hätte meine Frau mich verraten und mein Diener wäre ermutigt, mich zu bestehlen.“ Am Ende seines Lebens baute Voltaire eine Kirche in der Nähe seines Palastes. Die Inschrift am Eingang besagt: „Von Voltaire für Gott, deinem aufrichtigen Diener!“
Er vertrat sogar die Ansicht, sie sei die einzige Kirche auf Erden, die ausschließlich Gott geweiht ist, und erklärte, dass andere Kirchen lediglich den Heiligen gewidmet seien. Er schickte seine Bedienstete regelmäßig in die Kirche und bezahlte die Schulgebühren für ihre Kinder, damit diese die Prinzipien des Christentums erlernten (Die Geschichte der Zivilisation, Will Durant, Bd. 38, S. 214).
Man kann mit gutem Gewissen sagen, dass der Atheismus als unabhängige Philosophie im Laufe der Geschichte ein wesenloses Phänomen war. Dies veranlasste den griechischen Historiker Plutarch zur folgenden Aussage: „Die Geschichte hat uns Städte ohne Burgen, Städte ohne Paläste und Städte ohne Schulen gezeigt, aber nie hat sie uns Städte ohne Gotteshäuser gezeigt!“ In seinem Buch „Die Geschichte der Zivilisation“ schrieb Will Durant: „Der alte Glaube, dass Religion ein Phänomen ist, das sich allgemein unter allen Menschen ausbreitet, ist immer noch wahr und gültig. Die Frage der Religion aus der Sicht eines Philosophen gehört zu den grundlegenden Tatsachen der Geschichte und der Psychologie“ (Bd.1, S. 99).
Was die muslimische Welt betrifft, so gab es in der gesamten Geschichte des Islâm keinen einzigen Atheisten. Die Erzählungen über Ibn Ar-Râwandî, Ibn Al-Muqaffa, Ibn Sînâ, Abû Hayyân At-Tauhîdî und andere sind zwar gering, aber dennoch waren sie keine Atheisten im heutigen Sinne. Vielmehr folgten sie den Ansichten der Bâtiniyya-Philosophie. Tâdschuddîn As-Subki betonte in seinem Buch Tabaqât As-Schâfi‘iyya, dass die meisten dieser Imâme in Wirklichkeit den Rang des Idschtihâd (innere Anstrengung zur selbständigen Rechtsfindung) erreichten, wobei einige der von ihnen gewonnenen Meinungen zutreffend waren, andere dagegen nicht.
In heutiger Zeit ist es recht schwierig, ein genaues Datum für die Entstehung des modernen Atheismus zu bestimmen. Die meisten westlichen Historiker argumentieren jedoch, dass er im Zuge des Sturms auf die Bastille im Jahr 1789 begann und damit den Beginn der Französischen Revolution markierte. Auf der globalen Bühne zeigte sich der Atheismus, als die Bolschewiki in Russland nach der russischen Revolution von 1917 an die Macht kamen. Eine ausgewogene Untersuchung der historischen Aufzeichnungen zeigt, dass die Bolschewiki echte Atheisten waren und die Religion heftig bekämpften. Laut der Ausgabe des Time Magazine vom 1. Januar 1956 ging die Zahl der Kirchen in der Sowjetunion von 46.000 im Jahr 1917 auf 4.000 im Jahr 1956 zurück. Es sei jedoch darauf hingewiesen, dass der bolschewistische Atheismus nicht auf wissenschaftlichen, philosophischen oder intellektuellen Grundlagen beruhte, sondern eher eine politisch motivierte Version des Atheismus war.
Nach Karl Marx ist die Religion einer der Überbauten der Gesellschaft (gesellschaftliche Institutionen). Zu diesen Überstrukturen gehören Denken, Soziologie, Politik, Traditionen, Werte usw. Er identifizierte diese Überbauten als bloße Spiegelungen der Infrastruktur, deren einziger Bestandteil die Wirtschaft ist, und glaubte, dass kein Überbau für sich allein unabhängig ist. Demnach wurde Religion als ein kontingenter Faktor wahrgenommen, der zu einem späteren Zeitpunkt beseitigt werden sollte, so dass der wirtschaftliche Faktor die Herrschaft der marxistischen Nation dominieren würde.
Aus diesem Grund sind die meisten Statistiken über die weltweite Zahl der Atheisten falsch und völlig ungenau. Wenn ein Land die Herrschaft des Sozialismus ausruft, wird die gesamte Bevölkerung in irgendwelchen Statistiken automatisch zu den Atheisten gezählt. Dies wurde von Samuel Huntington in seinem Buch „Kampf der Kulturen“ hervorgehoben. Er schrieb: „Statistiken zeigen, dass das chinesische Volk etwa 92 Prozent der Atheisten auf der ganzen Welt ausmacht. Als China den Kommunismus einführte, wurde seine gesamte Bevölkerung in allen Statistiken über Religionen weltweit automatisch als Atheisten gekennzeichnet“ (S. 108). Diese Abweichung ist erzwungen und völlig unsachlich. Deshalb argumentierte der Historiker Samuel Huntington, dass die institutionelle Präsenz des Atheismus weltweit mit dem Zusammenbruch der Sowjetunion im Jahr 1989 endete. Die Zeit zwischen 1789 und 1989 kann als das goldene Zeitalter des Atheismus bezeichnet werden. Daher ist der Atheismus ursprünglich eine parasitäre, wurzellose Philosophie und die meisten seiner Ausprägungen waren rein politischer Natur.
Atheisten werden in den USA bisher als die am meisten verfolgte Minderheit eingestuft. Nach einer zweijährigen Umfrage der Universität von Minnesota wurden Atheisten in Amerika zur am meisten unterdrückten Minderheit erklärt, noch vor den Homosexuellen und radikalen Muslimen. Die USA, das wissenschaftlich am meisten fortgeschrittene Land der Welt, erachtet die Atheisten in der amerikanischen Gesellschaft immer noch als unzumutbar. Dies kam 1987 im Interview mit George H. W. Bush deutlich zum Ausdruck, als ihn ein amerikanischer Journalist fragte: „Erkennen Sie denn die Staatsbürgerschaft und den Patriotismus der Amerikaner an, die Atheisten sind?“ Präsident Bushs inzwischen berühmte Antwort lautete: „Nein! Atheisten sollten weder als Bürger noch als Patrioten betrachtet werden. Dies ist eine Nation unter Gott.“ In einer anderen unabhängigen Untersuchung heißt es in einem Artikel der Washington Post: „Obwohl Homosexuelle ein gewisses Maß an Respekt, Akzeptanz und neuen Rechten gewonnen haben, gibt es immer noch eine Gruppe, die viele Amerikaner einfach nicht besonders mögen: die Atheisten. Atheisten stellen nach wie vor die am meisten verachtete und unbeliebteste Gruppe in Amerika dar. Menschen, die nicht an Gott glauben, gelten weithin als unmoralisch, bösartig, ungezogen und passen nicht in die amerikanische Gesellschaft. Die Amerikaner zögern, Beziehungen zu Atheisten aufzubauen oder sie für eine Stelle zu wählen, ja sie können nicht einmal den Pfadfindern beitreten. Atheistische Soldaten werden als problematisch beurteilt, wenn sie in militärpsychologischen Bewertungen als „nicht ausreichend spirituell“ eingestuft werden.
Deshalb schloss John Locke, der Gründer des Rechtsstaats, in seinem berühmten schriftlichen Werk „A Letter Concerning Toleration (1689)“ Atheisten, die er von Natur aus als unmoralisch betrachtete, von der Duldung aus. Er schrieb: „Ein Atheist wird in der Zivilgesellschaft nicht angenommen ... Wer die Existenz Gottes leugnet, ist überhaupt nicht zu tolerieren. Versprechen, Verträge und Eide, die das Fundament der menschlichen Gesellschaft bilden, können einen Atheisten nicht bremsen. Der Ausschluss von Gott, auch wenn nur in Gedanken, löst alles auf.“
Zusammenfassend lässt sich sagen: Der Atheismus entstand als ein der Menschheit fremdes Konzept, es verblieb auf diese Weise und wird genauso fremd dahingehen.