La mosquée Al-Azhar, fondée en 970, est une des plus anciennes mosquées du Caire et le siège de l'université Al-Azhar, la plus ancienne université encore active au monde après Quaraouiyine.
Dès son arrivée en Égypte, Jawhar ben Abdalah al-Siqilli, le général d'origine sicilienne qui venait de conquérir le pays en 969, pour le quatrième calife fatimide Al-Muizz li-Dîn Allah, entama la construction d’une nouvelle capitale, Al-Mansûriyyah, au nord d'Al-Fustât, l'ancien fleuron de l'Empire abbasside. Lorsque Al-Muizz se rendit sur place pour visiter sa nouvelle conquête, il décida que la capitale s'appellerait Al-Qâhirah (c'est-à-dire la victorieuse , actuel Le Caire) plutôt qu’Al-Mansûriyyah.
Lorsque Jawhar al-Siqilli posa la première pierre de la nouvelle capitale, il avait prévu la construction d’une grande mosquée où serait célébrée la prière sous le règne de son maître Al-Muizz. Cette mosquée fut d’abord appelée Jâmaâ Al-Qâhirah (la mosquée du Caire). La mosquée d'origine comprenait une cour entourée de trois bas-côtés. Elle avait un seul minaret et occupait la moitié de l’espace qu’elle occupe aujourd’hui. Elle a par la suite été nommée Al-Azhar pour rendre hommage à Fatima Zahra, la fille du Prophète Mahommed (). Elle est située au sud du Khan el Khalili, au centre du Caire.
Sa construction commença le 4 avril 970 et dura deux ans. La dernière prière fut posée le 22 Juin 972[1]. Après sa construction, Al-Azhar fut directement financée par les califes fatimides, et devint la mosquée officielle pour la prière du vendredi. Les habitants des villes à proximité du Caire, comme Misr ou Al-Qatai’ se dirigeaient tous les vendredis vers Al-Azhar pour écouter le sermon (al-Khutbah), donné par le calife fatimide, et accomplir la prière en congrégation. Par ailleurs, des Égyptiens aisés participaient à son financement en lui léguant une part de leur fortune ou des propriétés privées.
Une école est ouverte près de la mosquée en octobre 975[2], puis en 988, elle devint une université où étaient enseignés le droit et la théologie (madrasa). En 1005, sous le califat d'Al-Hakim elle devient une maison du savoir (arabe دار العام [dār al-`ilm], maison de la science, ou دار الحكمة dār al-hikma, maison de la sagesse), munie d'une importante bibliothèque publique, où la chimie, l'astronomie et la philosophie sont enseignées en plus des disciplines strictement religieuses comme la connaissance des hadiths et du Coran. L’éducation à Al-Azhar incluait la jurisprudence chiite-ismaélite, la grammaire arabe, la littérature et l’histoire. Elle devient alors le centre de diffusion de la da’wa (propagande) chiite fatimide.
À la fin de la dynastie des Fatimides (VIe siècle de l’hégire - XIIe siècle), la partie couverte de la mosquée a été élargie. Un couloir fut ajouté de chaque côté de la cour intérieure, dont les arcades reposent sur des colonnes de marbre.
En 1303, plusieurs bâtiments sont complètement reconstruits suite aux destructions causées par un tremblement de terre.
Suite à l'occupation de l'Égypte par les troupes françaises, le 22 octobre 1798, pendant que Bonaparte est dans le vieux Caire, un soulèvement est provoqué : la population de la capitale se répand en armes dans les rues, se fortifie sur divers points, et principalement dans la grande mosquée Al-Azhar. Excités par les cheikhs et les imams, ces Égyptiens jurent par leur prophète d’exterminer tous les Français. Tous ceux qu’ils rencontrent, soit dans leurs maisons, soit dans les rues, sont impitoyablement égorgés. Bonaparte n’est point déconcerté par l’orage qui le menace de toutes parts. Il poursuit lui-même les révoltés de rue en rue, et les oblige à se concentrer dans la grande mosquée. Il ordonne à ses canons de foudroyer la mosquée. Les Français en brisent les portes et, animés par la fureur et la vengeance, ils massacrent les Égyptiens. Quelques cheikhs, plusieurs Turcs ou Égyptiens, convaincus d’avoir trempé dans le complot, sont exécutés.
Le 1er juin 1801, Al-Azhar ferme ses portes sur une Égypte occupée par les Français, et exactement une année et un jour plus tard, le 2 juin 1802, ré-ouvre pour le service du vendredi, en la présence du grand vizir ottoman.