Suite au décès du Prophète — — quelques tribus récemment converties à l’islam s’empressèrent de renier leur foi et de contester la souveraineté de l’État islamique en refusant de verser la zakat. D’autres chefs arabes allèrent même jusqu’à prétendre la prophétie. Cette rébellion politico-religieuse s’étendit sur l’ensemble de la péninsule arabique si bien que ne restèrent musulmans que les habitants de La Mecque et de Médine.

Face à cette situation où la cohésion et la sécurité de l’État islamique naissant se trouvaient menacées, il était impossible pour le Calife de rester les bras croisés. Abou Bakr fit preuve d’une grande maturité et de courage en défendant fermement la citadelle de l’islam et ce, en dépit de l’opposition de certains Compagnons qui lui demandaient de faire preuve de patience. En réponse à leurs propos, il dit : « Par Allah ! S’ils me refusent un licou qu’ils acquittaient au Messager d’Allah — — je les combattrai pour le percevoir. Par Allah, je ne cesserai de combattre ceux qui font une distinction entre la prière et la zakat. » Ainsi envoya-t-il ses troupes mettre fin à cette rébellion, refusant par sa sagesse et sa clairvoyance toute concession à ce sujet.

Au cours des guerres d’apostasie menées par Abou Bakr, un grand nombre d’éminents Compagnons et de mémorisateurs du Coran tombèrent en martyrs. Les musulmans en furent d’autant plus attristés que cela menaçait la conservation du Coran. Ainsi Omar Ibn Al-Khattâb fut-il parmi les premiers à percevoir ce danger et après une longue réflexion, Allah lui inspira l’idée de compiler l’intégralité du coran par écrit avant que la mort n’emporte toutes les mémoires vivantes. Il fit part de cette idée à Abou Bakr. Ce dernier fut tout d’abord réticent : « Comment ferais-je une chose que le Messager d’Allah — — n’a pas faite ? », demanda-t-il.

Omar défendit sa proposition avec force arguments jusqu’à ce qu’Allah — Exalté soit-Il — guidât Abou Bakr à l’accepter. Il chargea de cette noble mission Zayd Ibn Thâbit, le scribe de la révélation du temps du Prophète. Celui-ci commença aussitôt à recueillir le Coran, verset après verset et sourate après sourate. À cette fin, il adopta une méthode très rigoureuse écartant toute possibilité d’erreur : quand bien même était-il lui-même l’un des mémorisateurs du Coran, il s’aida pour accomplir sa mission du témoignage des plus loyaux Compagnons du Prophète, grâce à qui le Coran nous parvint tel qu’il a été révélé au Messager d’Allah — —. Ainsi, la compilation du coran fut l’une des réalisations majeures accomplies sous le califat d’Abou Bakr ; réalisation qui permit la préservation du Coran de toute altération.