Das erste, was der Prophet Möge Allah ihn in Ehren halten und Wohlergehen schenken tat, als er in Madîna eintraf, war das Errichten der Moschee. Er erbaute sie in der Stadtmitte, im Viertel der Banû An-Naddschâr, auf dem Grundstück zweier Waisen, das er ihnen zuvor abgekauft hatte. Er beteiligte sich mit seinen Gefährten an den Bauarbeiten. Die Moschee war ein Ziegelbau, die Toreinfassungen waren aus Stein, die Säulen Palmstämme und das Dach wurde mit Palmwedeln abgedeckt. Die Muslime arbeiteten für Allâh, den Majestätischen. Dies geschah im ersten Jahr nach der Hidschra, also im Jahre 622 n. Chr.
Die Fläche der Moschee betrug 1.050 m², sie war 35 Meter lang und 30 Meter breit, die Wände waren zwei Meter hoch.
Der Prophet baute die Fläche im Jahre sieben nach der Hidschra aus, nachdem er aus Chaibar zurückgekehrt war, da die Anzahl der Muslime stieg. Er fügte etwa 20 mal 15 Meter hinzu, die Mauern wurden auf 3,50 Meter erhöht und es gab drei Türen und 35 Säulen.
Die Prophetenmoschee blieb in der Zeit des Propheten sowie der Regierungszeit Abû Bakrs so bestehen, bis Umar im Jahre 17 n. H. die Moschee erweiterte, so dass die Fläche nun 3.575 m² betrug; er ließ ferner hölzerne Säulen errichten.
Während der Regierungszeit von Uthmân ibn Affân wurde eine steinerne, vergipste Arkade errichtet, die Säulen ließ er durch Steinsäulen ersetzen.
Zur Regierungszeit Al-Walîd ibn Abdulmaliks restaurierte der damalige Emir Madînas Umar ibn Abulazîz die Moschee: Er ließ die Moschee ausbauen, die Häuser der Mütter der Gläubigen wurden in die Moschee eingebaut. Er erweiterte die Moschee um 2.369 m² und ließ sie aus Stein erbauen und vergipsen. Er ließ Steinsäulen errichten, die er in Eisen und Blei fasste. Dies geschah im Jahre 88 n. H.
Zur Zeit des abbasidischen Kalifen Al-Mahdî wurde die Moschee an der Nordseite um 2.450 Meter erweitert. Dies wurde im Jahre 165 n. H. beendet.
Zu Beginn des Ramadân im Jahre 645 n. H. brach in der Moschee ein Brand aus, zuerst brannten die Tore, doch bald erreichten die Flammen das Dach, wodurch sich das Feuer in der Moschee ausbreitete, und sogar das Prophetenzimmer wurde sehr beschädigt. Diese Schäden wurde nach und nach restauriert.
Im Jahre 879 restaurierte König Qaitbay die Moschee: er erneuerte einen Teil des Dachs, die Mauern, Säulen und Minarette. Anschließend ließ er sie um 120 Meter erweitern.
So blieb die Moschee bis zum Jahre 885 n. H., bis ein gewaltiger Blitz in das große Minarett einschlug, von dem der Gebetsruf gerufen wurde; der Blitz tötete den obersten Muezzin. Das Feuer fraß sich tief ins Dach hinein und zerstörte die Mauern. König Qaitbay ließ den entstandenen Schaden richten.
Im Jahre 980 n. H. ließ Sultan Selim II die Moschee restaurieren, er ließ westlich des Propheten-Minbars (Redepodest) einen neuen Mihrâb (Gebetsnische) errichten, er befand sich am Rand des ältesten Baus zur Zeit des Propheten .
Seit dem neunten Jahrhundert nach der Hidschra wurde die Moschee mit Öllampen beleuchtet, die über die ganze Moschee verteilt aufgehängt wurden.
Der osmanische Sultan Abdulmecid Murat I ließ die Moschee im Jahre 1265 n. H. erneut restaurieren, die Säulen wurden durch stabilere ersetzt; die Arbeiten wurden im Jahre 1277 beendet.
In der Regierungszeit des Königreichs Saudi-Arabien wurde die Moschee mehrmals erweitert, seit dem letzten Ausbau während der saudischen Regierungszeit im Jahre 1414 n. H. beträgt die Fläche 384.000 m².
Nun zum Vorzug des Gebets in dieser Moschee: Al-Buchârî und Muslim überlieferten von Abû Huraira , dass der Prophet sagte: „Ein Gebet in dieser meiner Moschee ist besser als tausend Gebete in einer anderen, außer der Harâm-Moschee.“ Es ist darüber hinaus authentisch überliefert, dass er sagte: „Ein Gebet in dieser meiner Moschee ist besser als hundert Gebete in einer anderen Moschee, außer der Harâm-Moschee; ein Gebet in der Harâm-Moschee ist hundertmal besser als ein Gebet in Ersterer.“
Überliefert von Ahmad. Die hohe Belohnung für das Gebet in den drei Moscheen (die dritte Moschee ist die Aqsâ-Moschee in Jerusalem) begründet sich durch den großen Vorzug dieser Moscheen und deren Rang, denn jede der drei Moscheen wurde von einem Propheten errichtet.
Die Prophetenmoschee ist eine der Moscheen, zu denen man reisen darf: Im authentischen Werk wird von Abû Huraira überliefert, dass der Prophet sagte: „Die Sättel dürfen nur für drei Moscheen festgezurrt werden: Diese meine Moschee, die Harâm-Moschee und die Aqsâ-Moschee.“ Der Hadîth wurde übereinstimmend überliefert.